9月2日马来西亚政府宣布解除副总理兼财政部长安瓦尔的职务，引发了一场持续数月的政治动荡东南亚经济危机1997年就影响到了马来西亚。在经济危机面前，马来西亚总理马哈蒂尔与前副总理兼财政部长安瓦尔的矛盾逐渐显现出来。马哈蒂尔主张继续实施扩张性经济政策，而安瓦尔却希望政府削减开支，停止搞大规模基建工程。马来西亚继续着马哈蒂尔的“既定方针”，毕竟他是在位达17年的总理，安瓦尔不过是他一手提携的“接班人”罢了。1998年6月底，新的吉隆坡国际机场启用，马来西亚又多了一项亚洲第一。7月，政府宣布要在各州建一座20万林吉特、具有马来西亚风格的豪华厕所，好在外国人眼里树立“豪华”形象。然而，马哈蒂尔的经济政策未能奏效。七八月间，马来西亚宣布对外汇买施管制。两人的矛盾这时已经完全暴露。

马哈蒂尔开始行动了。9月2日，政府宣布革除安瓦尔的职务，次日，执政党巫统宣布撤消他的第一副主席职务并将他开除出党。

9月20日，安瓦尔参与支持者的集会后被捕。9月底，他被控犯有 10项罪行。10月24日，反政府示威者与警察发生大规模冲突，造成10多人受伤、200多人被捕。11月2日，安瓦尔再次受审，被控犯有4项贪污罪，一项滥用职权罪，3项非自然性行为罪。11月7日，安瓦尔的支持者示威游行，要求“马哈蒂尔下台”。

国际社会和世界人权组织对此案表示关注。11月中旬亚太经合组织首脑会议在吉隆坡召开期间，又有多起反政府示威游行，要求马哈蒂尔下台的呼声更高。美国国务卿奥尔布赖特不顾马来西亚政府反对，会见了安瓦尔的妻子。虽然马哈蒂尔表示不会辞职，但是世事难料，就像当初马哈蒂尔与安瓦尔形同父子，谁又能想到他们会反目为仇呢？