1950年6月6日，美国占领当局下令镇压日本共产党员及其同情者，史称赤色整肃。

美国为推行“冷战”政策，使日本成为反共堡垒，秘密制定整肃赤色分子的计划。1949年实行“道奇路线”，整顿行政和企业人员，重点清洗共产党员及其同情者。

1950年5月3日麦克阿瑟发表暗示共产党为非法的声明，6月6日和7日又先后指令吉田茂政府剥夺24名日本共产党中央委员和《赤旗》报27人的公职，并出动警察包围日共总部。6月26日命令《赤旗》报停刊30天。7月28日又在报刊、广播电台等机构推行整肃，随后扩大到政府机关和民间企业。

被裁减的日共党员及同情者达2万1千多人。日共被迫转入地下进行斗争。