1926年11月1日，进攻南昌的第二期作战开始。两次攻打南昌失败，蒋介石认识到，要攻占南昌，必须先攻占南浔路，截断敌军对南昌的供应线，于是增调第四军入赣作战。准备工作就绪后，2日，第七军再次攻克南浔路上的重要据点德安，切断南昌与九江两地敌军的联系。然后攻取九江。第六军攻占涂家埠，张发奎部大破敌军于马回岭。第二、第三军在牛行车站展开激战，在各路援军的支援下，肃清了南昌外围的敌军。随后，左、中、右三路北伐军会攻南昌。孙传芳见大势已去，于11月7日逃回南京。8日，北伐军攻克南昌，俘获敌军4万人以上，缴获枪支4万多支，大炮80余门，机枪480多挺。至此，孙传芳在江西的10万主力部队几乎全部被歼，江西全境克复。9日，蒋介石的总司令部移驻南昌。