1922年6月16日凌晨，陈炯明部队4000余人突然包围总统府，并向孙中山所住的粤秀楼开炮。

15日，粤军总指挥叶举接到陈炯明密令，于白云山召开军事会议，决定熊略为攻城指挥官，洪兆麟为先头部队，开始围攻总统府。同日清晨，陈策紧急召集各拥孙舰长会议。研究应变措施，确定陈策在江防舰队宝壁舰上指挥，各舰严加警戒。

随后，陈策疾赴总统府粤秀楼，报以局势危急。恭请孙中山莅临舰队，以便在陈军叛变时下令讨伐。孙中山仍未能下定决断。陈策速返舰队，命令各军舰升火起锚，进入战备状态，以随时应变。

当日下午5时，孙中山仍不虞有变，曾对警卫团长陈可钰等说：“我与竞存(陈炯明字)近几日仍有电报往返商量两广军备，目前可能是他部下的一些骄兵悍将借名索恼，以难当局，饷清发了谅可各自回防。竞存曾谓愿以生命人格为保证，我信他不敢做犯上作乱之事，且我定明日返韶关，难道今晚还会有事吗？”

15日晚后半夜，叛军首先占领石井兵工厂，随后包围了总统府，孙中山生命危在旦夕。陈策在东堤襟江楼闻讯，急从二楼跃下，火速奔返舰队，指挥宝壁舰驶近长堤天宇码头附近，准备接应孙中山。时总统府参军林树微秘书林直勉知情险恶，力劝孙中山撤离险区。

在他俩扶持下，孙中山离开粤秀楼，途中曾遭叛军两度盘查，但终于平安到达长堤天宇码头，乘坐小艇登上了早已升火起锚等候的宝壁舰。17日，孙中山转登永丰舰，并发表讨陈电文。