1917年5月23日，黎元洪免去段祺瑞的国务总理兼陆军总长职务。黎元洪就任总统并任命段祺瑞为国务总理以后，由于段祺瑞企图把黎元洪作为傀儡，因而发生总统与总理争权斗争，习称府(总统府)、院(国务院)之争。这个斗争在对德宣战问题上公开爆发。当时，日本怂恿中国对德宣战，以求进一步控制中国。段祺瑞亲日，企图借参战得到日本的经济、军事援助，以加强实力。美国则要求中国暂勿对德宣战。亲美的直系军阀和黎元洪反对参战。1917年4月25日，段祺瑞在北京召开督军团会议，向黎元洪和国会施加压力，胁迫他们同意参战。5月7日，国务院向国会提出对德宣战案。8日，国会开会讨论宣战案。10日，在段祺瑞授意下，由流氓、乞丐、军警包围国会，殴辱议员，胁迫国会当天通过宣战案，遭到拒绝。19日，段祺瑞策动各省督军要求黎元洪解散国会。至此，府、院之间的对立不可调和。黎元洪免去段祺瑞职务，段祺瑞则通电各省，不承认免职令。皖系和追随皖系的督军纷纷宣布独立。直系冯国璋采取观望态度。黎元洪不得已，于6月1日召张勋来北京调解。张勋进京后，拥立清废帝溥仪复辟。黎元洪避居日本使馆，并电请冯国璋代理总统职务，任段祺瑞为国务总理。府、院之争的结果，非北洋系的黎元洪下台。