1916年5月7日，已独立的滇、黔、桂、粤四省都督以护国军军政府名义宣布，为统一对袁军事和筹划建国方案计，特暂设一军务院，直隶大总统，指挥全国军事，筹办善后庶政。院置抚军若干人，用合议制裁决庶政。其对外交涉，对内命令，皆以本院名义行之，俟国务院成立时，本院即裁撤。

军务院于5月8日在广东肇庆成立，唐继尧任抚军长，岑春煊任抚军副长，梁启超任政务委员长。正式宣布黎元洪为中华民国大总统。5月9日通告各国公使、领使：“以后除地方商民交涉，照例仍由各该省军民长官与各国驻近该地各官厅就近办理外，其中央外交事务，一概改由军务院办理。”从内外两方面否定了袁世凯政府的合法地位。

11日，军务院发布第二号布告，宣布“此次举义之真精神，一言蔽之曰：拥护约法而已”。号召“各省国会议员迅速筹备集会程序及地点，俾一切问题得以解决，各种法定机关得以成立”。次日，针对冯国璋否定“约法”的谬论，梁启超再次声明：“约法”者，民国之生命也。项城毁之，国人争之。国人以爱护“约法”，故不惜糜顶踵以为之殉。项城虽自绝于“约法”．而“约法”未尝因此而损其毫末也。项城所以失去总统资格，全因其犯“约法”上之谋叛罪、并非“约法”消灭，总统名义消灭，而彼之资格随而消灭也。