孙中山原订于5月25日在黄冈起事。21日，商民演戏，防兵在台前调戏妇女，捕去出面干涉的党人2名，并拟搜查泰兴杂货店总机关。负责起义的同盟会员余纪成、陈涌波遂提前行动。22日晚，余纪成聚集700余人于黄冈城外，誓师起义。陈涌波为前锋，由北门攻入，围攻都司衙门。当夜忽降阵雨，义军多为旧式鸟枪，弹药尽湿，陈涌波便改用火攻。在熊熊烈焰中，陈涌波叱咤冲突，血战一夜，攻克黄冈，生擒都司隆启等。次日，在旧都司衙门成立军政府，以陈涌波、余纪成为正副司令，同时，以“大明都督府孙”及“广东国民军大都督孙”等名义发布文告，宣称“为官府苛税，民甚难堪，专欲除暴安良”，并颁发纪律十余款。军政府要地方殷富交银献米，“富室均被勒提军费，为数甚巨”，“一廖姓者二次被勒，至有三四千元之多”。

粤督周馥电责潮州镇总兵黄金福出兵，并派水师提督李准率队继进；又促闽浙总督松寿拨队防堵。25日夜，陈涌波出击黄金福军，起义军所用土炮威力不大，至第二日午，已死伤数十人，向黄冈乞援。余纪成披发痛哭，义军大受感动，身带双刀，背着湿被棉胎，准备肉搏。清军援兵赶到，义军腹背受敌，弹药告罄，不得不下令退却。27日晨，陈涌波、余纪成等决定保存实力，解散义军。余纪成等由海道逃往香港。28日，清军进入黄冈，搜获陈余等遗落的党人名册，按名逮捕，惨杀200余人。东灶乡民困曾为起义军煮粥，被黄金福用炮轰击，“惨毙多命”。这年是农历丁未年，此次起义又称“丁未黄冈之役”。