1903年(光绪二十九年)6月29日，著名的反清政治案件苏报案发生。《苏报》于1896年(光绪二十二年)创刊于上海。1903年由陈范接办后，倾向革命，与中国教育会和爱国学社有联系。聘章士钊为主笔，章炳麟、蔡元培为撰稿人，宣传革命，发表推荐邹容《革命军》和章炳麟批驳康有为改良主义的政见和论文，公开批评清政府，朝野震动。

21日，清廷下旨说：“似此猖狂悖谬，形同叛逆，将为风俗人心之害。著沿海沿江革省督抚，务将此等败类严密查拿，随时惩办。”

6月29日，租界当局开始捕人。袁树勋、俞明震拿着“圣旨”去请求领事们签字捉拿“钦犯”，各领事表示，如作为租界之案，在租界审理，还可以考虑。袁表示愿照此办理，领事们便同意签字。英、美领事告诉袁，清方必须恪守这一定约：“照章，凡在租界犯案者，应在公堂无罪，在租界受罪。”但工部局仍拒绝会同捕人，魏光焘采用英国法律顾问的主意：命袁、俞向英界会审公廨控告这些“钦犯”，工部局才不得不出票拘人待讯。

29日上午，侦探、巡捕多人闯进三马路《苏报》馆，出示查禁“爱国会社”和《苏报》，捉拿钱允生、程吉甫、陈叔畴、章炳麟、邹容、龙积之、陈范七人”的牌告，当场将帐房程吉甫锁去。陈范当天也在馆内，巡捕两次到馆都没有捉他，陈连夜走避。

30日上午，探捕又往爱国学社捕人。章炳麟仍住在社内。头一天晚上。他与吴稚晖等去《苏报》馆向陈范打听捕人情况，知道自己也在列。这天清早，叶瀚又来到学社劝章等“留此身以有待”，他人纷纷散去，章独岿然不动。巡捕拿着拘票，一一指名查问。章答道：“余人都不在，要拿章炳麟，我就是１遂被铐走。同日，陈范的儿子仲歧、钱宝仁在女学报馆被捕。4人均被押在巡捕房。章写信劝邹容、龙泽厚自动投案。龙当夜自首。

7月7日《苏报》被封，章、邹在狱中继续坚持斗争，他们绝食抗议，章以文章痛斥清政府，声明自己为4万万人民的代表。在会审公廊的斗争成为轰动国内外的政治事件。后来章、邹被判监禁。邹容病死在狱中，章炳麟被关押三年。

1906年6月29日早晨，上海革命党人、进步人士纷纷齐集西牢门口，以迎接章炳麟出狱。

出狱这天，蔡元培、叶瀚、蒋维乔，以及孙中山代表龚炼百、时功玖、胡国梁、仇亮等将他迎至中国公学。东京同盟会总部也派人来迎接他东渡，香港《中国日报》、《有所谓报》等报馆都发电慰问、致敬。当晚，章炳麟登轮赴日。也在这日，蔡元培、蒋维乔、严练如、刘三以及黄炎培等，在江苏学会召开会议，讨论邹容墓的修建费用。议决募集常款，存信成银行生息，供每年修墓、开纪念会使用。