明朝时，为蒙古族和藏族所信奉的喇嘛教诸教派中，黄教成了力量最大的一派。黄教首领宗喀巴的两大弟子，也被尊为世世转生的两大活佛（后来分别被称为达赖、班禅），成了西藏的宗教领袖。

明万历八年（1580年），蒙古俺答汗称黄教领袖锁南嘉措为达赖喇嘛（意为“大海上师”），锁南嘉措即达赖三世，前二世为追认的。

清顺治十年（1653年），清廷封达赖五世为西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛呵达赖喇嘛，此后每一世达赖均得到朝廷的册封，正式确立了达喇系统在西藏的政教领袖地位。

达赖地位巩固后，请求与内地互市，1661年9月30日（顺治十八年八月二十日）得到清廷允准。

达赖及另一活佛班禅在西藏政教领袖地位的确立，对于巩固统一的多民族国家具有积极作用。